手把手教你如何寻找转录因子和靶基因的结合位点

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转录因子和靶基因的结合位点在咱们的案例二中，出图是这个样子的。


<hr/>这种图不需要花一分钱就可以做出来，咱们就演练一下。咱们拿ITGB6与转录因子ETS1基因为例哈。
第一步，查询ITGB6启动子序列
NCBI的Gene子数据库输入ITGB6，点击search


<hr/>注意种属，我们需要人源的human


<hr/>在genomic context中发现complement，位于反义链上，从右到左。


<hr/>计算基因的启动子序列
起点上游2000bp及下游100bp
由于是逆向转录，起始位点160200272，然后+2000；-99
<hr/>如果不是在互补链上则为-2000；+99
<hr/>下拉页面，找到FASTA，点击进入


<hr/>输入计算好的region，点击update view


<hr/>这就是ITGB6的启动子序列了


<hr/>使用JASPAR数据库预测结合位点
输入ETS1


<hr/>打钩，将启动子复制进去，点击右侧scan


<hr/>即可得到结合位点。其中start为分析结果的起点和终点，具体呢就是从所输入的第一个碱基算起，即位于基因上游的（2000-strat）到（2000-end）


<hr/>转录因子查找靶基因
使用cistrome data browser数据库


<hr/>

东方寂涵

实用，为作者点赞[赞同]

话说人生

请问ETS1是哪来的呀？

陈小乔

你好，想问一下，案例里的图是用什么软件做的呀？感谢感谢！

虎虎男孩

如果这样就能找到真正有功能的调控位点的话，哪怕随便找到一个都可以闭着眼睛发CNS主刊了。就说文中提到的ETS1的调控位点，16年在蛇的基因组里面找到一个ETS1结合位点的缺失导致它们丧失了四肢发育的能力，这就是一篇Cell。类似的小鼠性别逆转元件发现，还有地中海贫血症相关的调控位点的发现，只要是能发现任何一个真有功能的调控元件，都能必中CNS主刊。如果发现不了真正的调控元件，那就只能发水刊了。

寻找远方的自己

想请教大佬，那我们怎么去找到真正的调控位点呢？还是要做实验去证明吗？那这样的预测还有意义吗

曾新根

初学者看不懂 不够细致。。[大哭]

風萧路漫

要多细[为难]

叫叔就行别太客气

我目前认为，比较基因组学是一个可靠的方案，我觉得想挖掘出来真有生物学功能的调控元件而不仅仅是个信号，那光看来自一个物种的多组学很低效。比如可以看看张国捷老师的很多工作，从多物种超保守非编码区里找真实功能的调控元件，不过他好像很少做功能验证。最经典的要数蛇无足的那篇cell。表观的peak能敲出带表型的也许远没有十分之一，像小鼠性别逆转那篇，连续敲了十几个非编码atac peak碰上一个改变器官形成的就是一篇science，大多数情况下你都不知道有多少人在实验室里敲各种CHIPseq的peak，每个人连敲一百个也找不到一个真能影响到个体水平的。还是那句话要能随便找到带表型的，人人都能发cns正刊了

韩小咪

ETS1怎么出来的啊？